Middelalderens Thisted opstod som en livlig handels- og ladeplads ved Limfjorden. Inderst i bredningen ved åens udløb var der læ og gode muligheder for at forbinde sejlads med færdsel over land.
Der er fundet middelalderlige rester af bebyggelse, redskaber og mønter tæt på den nuværende Storegade. Fra Storegadeområdet kendes også rester af gadebelægninger, der dog ikke kan dateres præcist, og der er tillige udgravet rester af enkelte huse fra 1200-tallet og en romansk kirke. Husene, der oprindelig lå på strandengen nær den daværende kystlinje, var mindre tørvevægshuse med stampede lergulve, åbne ildsteder og ovne, ganske som i egnens landsbyer.
Byens beboere levede fortrinsvis af fiskeri og håndværk, men derudover havde de formentlig også en agrarøkonomi. Endvidere viser fundet af en benskøjte, at befolkningen også færdedes på fjorden om vinteren.
Der er ikke fundet spor af Thisteds øvrige middelalderlige bebyggelse, men nord for centrum er der fundet enkelte metalgenstande dateret til perioden.
I middelalderen hørte Thisted under Børglumbispen, som også ejede en gård i byen, og gadenavnet Bisgårdsgade vidner om dette tidligere ejerforhold. Endvidere skyldes de gentagne stadfæstelser af byens privilegier, at fiskerlejet og handelspladsen Hovsør, der lå ved en lille vig få kilometer øst for Thisted, igennem en længere årrække også havde søgt at opnå købstadsrettigheder. For at cementere den nye position blev den romanske kirke i det første årti af 1500-tallet erstattet af en stor, gotisk nybygning, der afspejlede byens nye status. I 1524 bekræftede Frederik 1., at Thisted skulle nyde fri købstadsret og byfred. Samtidig blev byen omtalt som Børglum bispedømmes købstad. I lokalområdet har det tilsyneladende ikke været let at håndhæve det handelsmonopol, som købstadsprivilegierne indebar; især Hovsør var fortsat en alvorlig konkurrent.
Med Reformationen overgik Bisgaard – bispens jordbesiddelse i Thisted – til kronen. Christian 3. gav byen en vigtig håndsrækning, da han under et besøg i 1546 skænkede Thisted en del af denne jord, som siden blev benævnt som Kronborg. Samtidig skænkede han byen et rådhus.
Formentlig har byen været i god vækst i tiden efter år 1500. Den nye gotiske kirke vidner om økonomiske ressourcer. Til kirken blev der i 1549 knyttet en latinskole, der var i funktion frem til 1739.
Gennem 1600-tallet blev byen ramt af alvorlige kriser. Både i 1608 og i 1620 brændte store dele af Thisted. I 1627 brandskattede tyske kejserlige tropper byen, og 1643-45 og igen 1657-60 var det svenskerne, der hærgede. En optælling fra 1627 viser, at Thisted havde 1.276 indbyggere. Da byen var kommet gennem krigene, var folketallet kun 1.000. I 1700-tallet blev det endnu lavere.
Landbrug var det bærende grundlag for Thisteds eksistens. Langt op i 1800-tallet blev kvæget hver dag drevet ud på bymarken, og så sent som i 1803 måtte byfogeden indskærpe borgerne, at de skulle holde deres svin indelukkede i gårdene. En del af det avlede korn blev anvendt til fremstilling af brændevin, og i 1790 var der 70 brændevinskedler i byen.
Landbruget blev suppleret med håndværk og handel. Der var imidlertid så få udøvere af de enkelte fag, at der aldrig blev tale om at danne håndværkerlav.
Handelslivet var presset af på den ene side de stærke Aalborgkøbmænd kombineret med de meget vanskelige besejlingsforhold ved Løgstør Grunde og på den anden side den blomstrende skudehandel med Sydnorge, der foregik fra Klitmøller og andre pladser på vestkysten. Byens magistrat havde i 1665 uden held søgt at forbyde denne handel. Til gengæld tjente adskillige Thistedkøbmænd godt på at investere i pakhuse og sandskuder i Klitmøller.
Fra 1680 var byen residens for amtmanden og senere amtsforvalteren for dét, der fra 1793 blev benævnt Thisted Amt. I 1717 blev Hillerslev-Hundborg herredsting henlagt til Thisted.
Anlæggelsen af en egentlig havn i 1841 blev et afgørende spring fremad for byens udvikling. I 1825 gennembrød en stormflod Agger Tange, og dermed blev vilkårene for sejlads til Thisted grundlæggende ændret. Samtidig blev der iværksat omfattende vejanlæggelsesprojekter på initiativ af den dynamiske amtmand Gerhard Faye, som virkede fra 1805 til 1842. Det blev hurtigere og mere sikkert at transportere personer og varer over land.
Med åbningen af Frederik VII’s Kanal i Løgstør i 1861 blev den alvorlige hindring for sejlads mod øst overvundet. Nye muligheder for udvikling af handel og søfart åbnede sig, samtidig med at egnens landbrug begyndte at eksportere korn. Flere af vestkystens skudeejere valgte at flytte til Thisted, og rederkøbmænd blev det dynamiske element i byens udvikling. Den øgede fjernhandel kombineret med den voksende arbejdsdeling mellem land og by udviklede en pengeøkonomi og skabte grundlag for mindre industrivirksomheder samt etablering af håndværk og specialforretninger. Befolkningstallet steg fra 2.342 indbyggere i 1850 til 6.073 i 1901. Bebyggelsen voksede langs indfaldsvejene og ud i det landsogn, der omgav den lille købstads grænser. Åbningen af Thybanen i 1882 og Fjerritslevbanen i 1904 bidrog til væksten, og samtidig skabte jernbanerne en række små stationsbyer, der ivrigt søgte at konkurrere med købstaden.
Nye institutioner voksede frem. I 1840 fik Thisted sin egen toldbod, og den første bank blev oprettet i 1854. I 1856 åbnede en privat realskole, der uddannede drenge til de nye elevpladser inden for handel og administration. Der blev opført amts- og bysygehus i 1857. Med væksten fulgte også en skærpet klassedeling. I 1866 tog byens sognepræst Hans Chr. Sonne initiativ til oprettelsen af Thisted Arbejderforening.
I 1880’erne begyndte arbejderbevægelsen at få fodfæste. Samtidig udviklede der sig en stærk afholdsbevægelse.
Thisted og dens omegn havde allerede i 1824 fået sin første avis, Den Nord-Cimbriske Tilskuer, der i 1859 blev til Thisted Amtsavis. I 1882 oprettede venstrepolitikeren Christen Berg Thisted Amts Tidende, og i 1909 fulgte Thisted Social-Demokrat.
Det konservative borgerskab stod stærkt i Thisted, men fra 1917 var Socialdemokratiet som oftest det største parti og kunne dermed sikre, at den første folkevalgte borgmester blev A.M. Aaberg, redaktør ved Venstre-avisen Thisted Amts Tidende. Der skete kun få mandatforskydninger ved valgene i de følgende årtier, og efter 1925 var borgmesteren enten konservativ eller socialdemokrat.
I årene efter århundredskiftet blev der kloakeret og oprettet vand- og elforsyning. Det kommunale alderdomshjem Kristianslyst blev indviet i 1917. I 1921 blev der i Thisted bygget en ny folkeskole, Østre Borgerskole, og i 1938 et nyt centralbibliotek for Thisted Amt. Først i 1947 lykkedes det at oprette et gymnasium.
Mellemkrigstiden var præget af stagnation. Landbrugets krise satte sig tydelige spor og skabte betydelig arbejdsløshed. En væsentlig nydannelse var Thisted Andels-Svineslagteri (grundlagt 1931), der udviklede sig og blev til byens største virksomhed.
Efter 1. Verdenskrig var der betydelig boligmangel i byen, og trods krisen blev der bygget nye boliger, først og fremmest tofamiliehuse. Den lille købstad blev omgivet af et solidt bælte af murermestervillaer. I 1943 opførte Thisted Andelsboligforening de første boligblokke.
Det store befæstningsanlæg, Atlantvolden, som den tyske besættelsesmagt opførte 1940-45, tiltrak arbejdskraft og medførte høj økonomisk aktivitet. Befolkningstallet voksede med 1.500, arbejdsløsheden forsvandt, og indkomsterne steg betydeligt, men efterkrigstiden bød på en fraflytning af flere end 500 mennesker og en tilbagevenden til arbejdsløshed og stagnation. Den generelle optimisme, der indfandt sig fra slutningen af 1950’erne, udmøntede sig i Thisted i en aktiv erhvervspolitik i et samspil mellem borgmesterkontor og byens erhvervsråd. Mulighederne i Egnsudviklingsloven af 1958 blev udnyttet til at tiltrække virksomheder, der ønskede at flytte fra hovedstadsområdet, tillokket af egnens stabile arbejdskraft.
Op gennem 1960’erne og ind i 1970’erne etablerede københavnske virksomheder store produktionsafdelinger i Thisted; det gav samtidig et stort antal kvinder adgang til arbejdsmarkedet, og der blev skabt et industrielt miljø i byen med følgevirkninger for mange andre virksomheder.
Thisted har været et bysamfund i vækst fra 1970 og frem. I 1970 var indbyggertallet 11.292, og i årtierne frem til 2010 voksede det med 2.000. Alene i 1970’erne blev der opført flere end 1.000 nye boliger, hvoraf de fleste var enfamiliehuse, og der blev skabt 1.700 nye industrielle arbejdspladser. Flere store østdanske virksomheder flyttede deres produktion til Thisted med egnsudviklingsstøtte. Samtidig voksede lokale virksomheder inden for fødevare- og maskinbranchen betydeligt. Den stærke industrielle udvikling i Thisted – og Thy som helhed – har været en afgørende årsag til den økonomiske vækst.
I 2007 blev byen centrum for den nye storkommunes hastigt voksende administration. Samtidig blev sygehuset udbygget ad flere omgange og blev en af byens største arbejdspladser.
Thisted blev Thys uddannelsesby med gymnasiale og erhvervsrettede ungdomsuddannelser samlet i en fælles campus. Her anlagdes desuden Thy Hallen med svømme- og idrætsfaciliteter og fra 2004 Thy Uddannelsescenter med flere professionsuddannelser og efteruddannelsesaktiviteter.
Anlæggelsen af Thisted Lufthavn i 1970 med daglig flyforbindelse til København var til stor gavn for såvel erhvervs- som organisationsliv. Ruten ophørte i 2007. Bilismen har spillet en afgørende rolle for arbejdskraftens mobilitet. I den forbindelse har omfartsvejen, der blev anlagt 1990-95, bidraget afgørende til at lette trafikpresset på den indre by og åbnet for, at de omfattende havnearealer er blevet en integreret del af byrummet.
