Omkring 3950 f.Kr. skete en afgørende forandring i levevilkårene i det område, der i dag udgør Thisted Kommune: Bønderne begyndte at fælde skoven for at skaffe plads til marker og græsning. Med Tragtbægerkulturen (ca. 3950-ca. 2800 f.Kr.) fulgte ikke kun et nyt erhvervsgrundlag og en større bofasthed, men også nyskabelser som minedrift, kultpladser og gravmonumenter.
Der kendes få bopladser i Thy fra denne periode, men ved Hov indledte nogle af de første generationer af bønder flintminedrift.
Lidt senere blev en af Danmarks største såkaldte samlingspladser anlagt ved Liselund nær Sjørring. Her mødtes folk fra et større område for i fællesskab at udføre ceremonier, bl.a. i forbindelse med tidens dødekult.
De ældste bevarede monumenter i Thy er langdysserne og de lidt senere jættestuer, der stammer fra tiden omkring 3300-3200 f.Kr. Jættestuen Lundehøj har to kamre, hvilket er karakteristisk for jættestuerne i Limfjordsegnene.
Med Enkeltgravskulturen (ca. 2800-ca. 2350 f.Kr.) tog skovrydningen for alvor fart. Allerede omkring 2500 f.Kr. var en stor del af skoven ryddet og afløst af græssede overdrev. Landskabet i Thy forblev åbent og træfattigt gennem resten af oldtiden. Opførelsen af gravhøje blev intensiveret og fortsatte i den sidste periode af stenalderen (ca. 2350-ca. 1700 f.Kr.) og ældre bronzealder (ca. 1700-ca. 1100 f.Kr.).
I hele yngre stenalder blev der indsamlet rav, som blev lagt i grave og ofret, fx ved Hørdum, hvor der er fundet fem store økser af rav lagt under en stor sten.