I den nuværende Thisted Kommune var landsbyerne, i modsætning til det meste af det nordenfjordske område, i perioden 1536-1850 mere fremtrædende end enkeltgårdene. De gode og frugtbare morænelerjorder gav plads til mange større landsbyer, og enkeltgårdene lå mest i den vestlige og i den sydlige del af kommunen. Muligvis var flere af enkeltgårdene ved klitterne rester af landsbyer, hvor sandet havde taget det meste af landsbyen. Da man gennem tilplantning i slutningen af 1700-tallet begyndte at tæmme sandet, nåede det flere kilometer ind i landet, et enkelt sted 13 km.
Midt i 1800-tallet lykkedes det at finde mere effektive metoder til bekæmpelse af sandflugten. I 1816 anlagdes syv forsøgsplantager, heriblandt en i Tvorup. Der blev ansat en opsynsmand, og han fik en bolig stillet til rådighed. Tomten efter huset er afdækket ved en udgravning, der viste, at planløsningen svarede godt til andre samtidige huse i Thy. Det foretrukne byggemateriale var tegl og ubrændte lersten samt lokale natursten, bl.a. kridtstensflager, de såkaldte bleger. Materialet genfindes også i hustomter med tilhørende diger og brønde, der er bevaret i klitplantagerne; heraf har enkelte status som fredede fortidsminder.
Allerede i 1500-tallet blev de første ødelæggelser i forbindelse med sandflugten, fra Vester Vandet til Nørhå, registreret. Herefter bredte sandet sig over et større område. Beboerne i Sønderby og Nørby måtte omkring 1625 flytte deres huse to gange. Landsbyerne Alstrup og Skovsted var senest i 1749 helt forsvundet, og det samme gjaldt mange enkeltgårde. Tvorup Sogn blev helt opgivet i 1794.
Under sandet ligger sporene efter de nedlagte bebyggelser, bl.a. Herregården Nebel i Vester Vandet Sogn, der lå på et næs sydvest for Nors Sø. Det var en stor gård med et trefløjet bygningsværk omgivet af vådområder. Ejerne tilhørte adelsslægter som Bild og Krabbe. Ved arkæologiske udgravninger er der fundet rester af bygninger og genstande. I 1632 måtte Nebel flytte pga. sandflugt, hvilket blev nødvendigt igen i 1892. Ved hver flytning blev gården mindre.
Det samme gjorde sig gældende for herregården Nystrup syd for Vandet Sø, der flere gange måtte flytte mod øst. Nystrups placering fra 1600-tallet til 1910, der er delvis arkæologisk undersøgt, ses i dag i en lysning i skoven, hvor bygningernes udstrækning er markeret.
Landsbyen Vang er formentlig delvis opstået gennem tilflytning af sandflugtsramte gårde og huse fra klitten. Således har den oprindelige bebyggelsesstruktur pga. sandflugten løbende forandret sig.
Der var flere tidlige selvejende bønder i området, hvorfor man skulle formode, at der løbende skete mange udstykninger fra deres jorder. Men tidligt var der mange små gårde og huse, og mulighederne syntes udtømt. Samtidig satte de mange klitter, moser og kær begrænsning for nyopdyrkning af jord.
Udskiftningen blev også præget af den dårlige fordeling af jorden. Med en selvforsyningsøkonomi var det praktisk for en gård at have del i agerjord, kær, mose og forskellige typer hede. Der var heller ikke den store interesse i at flytte ud af landsbyerne, så også efter udskiftningen blev gårdene liggende i byerne, undertiden kun med lidt jord omkring sig, mens deres tilhørende lodder kunne være spredt over store afstande. Lodderne kunne være meget uhåndterbare, især kær og mose. I Østerild Overdrev, som ikke var klit, men hede på den bedre jord, fandtes i 1830 lodder, der var 10 m brede og knap 4 km lange, og nogle af disse var endda opstået gennem udstykning på langs flere år efter udskiftningen. På trods af de fjernt beliggende lodder var der kun få nye bebyggelser.
Der var frem til 1820 en pæn vækst i antallet af huse og mindre gårde, hvorfor der i 1820 var adskillige sogne med mere end 100 huse. Denne vækst skyldtes i høj grad »herregårdsslagtninger«, hvor en lokal spekulant opkøbte en herregård, solgte bøndergodset til selveje og udstykkede herregårdens jorder. I flere tilfælde blev en del jord liggende omkring herregården, så den var at regne som en stor bondegård eller proprietærgård. I den sydlige del af Thy afspejlede de mange huse også de gode muligheder for fiskeri, som eksisterede før Vesterhavets gennembrud af Agger Tange i 1825.