Selv om Esbjerg Kommune har en ganske stor andel våd natur i form af vidtstrakte marskområder, ferske enge og flere store vandløb, er kommunen meget fattig på søer. I alt er der 1.467 søer på mindst 100 m2, som tilsammen dækker 391 ha eller blot 0,5 % af kommunens areal. Langt de fleste er småsøer og vandhuller, og blandt kommunens få større søer er hovedparten kunstige. Det gælder fx Sneum Digesø, som med sine 26 ha er kommunens største. Også de hhv. 13, 5 og 3 ha store Marbæk Søer er kunstige og blev anlagt på de lavtliggende enge ved Marbækgård 1972‑79. Den 21 ha store Munkesø ved Skallebæk øst for Ribe er betydelig ældre. Dens historie går tilbage til 1400-tallet, hvor den var vandreservoir for Munkemølle eller Skallebæk Mølle. I dag findes møllen ikke længere, og den næringsrige sø fungerer i stedet som et rekreativt naturområde.
Hvor kommunen er fattig på søer, er den til gengæld rig på vandløb. I alt er der ca. 825 km offentlige vandløb i Esbjerg Kommune. Hertil kommer et stort antal private vandløb samt utallige grøfter og kanaler.
Hele Esbjerg Kommune afvandes til Vadehavet af en række mellemstore til store vandløb, som gennemskærer området fra øst til vest. I nord løber Varde Å kortvarigt på kommunegrænsen, inden den løber ud i Ho Bugt. Da åen ikke gennemskærer et dige, er dens udløb ikke reguleret af en sluse. Syd for Esbjerg ligger sluserne derimod nærmest som perler på en snor. Således har den ca. 34 km lange Sneum Å sit udløb ved Sneum Sluse syd for Esbjerg, mens den mindre Darum Bæk løber ud gennem slusen ved Østerenge. Ved Kongeåslusen en smule længere mod syd løber Kongeå ud i Vadehavet, og ved Mandø Hølade lidt længere nede ad kysten ligger Kammerslusen, hvor Ribe Å har sit udløb. Lige vest for Vester Vedsted løber den lille Vester Vedsted Bæk ud gennem en sluse, som er anlagt under diget, mens man ved nordkanten af den store, marskdækkede Råhede Vade finder slusen med Grænsegrøften, hvis løb 1864‑1920 markerede sydgrænsen for det danske kongerige.
