Fredericia Kommune er forholdsvis vandløbsfattig med en samlet vandløbsstrækning på ca. 95 km. Enkelte vandløb som Mølleå og Øsdals Bæk har både et godt fald og en høj vandkvalitet, men ellers er vandløbene generelt i en ringe miljøtilstand.
Med undtagelse af Rands Fjord på grænsen til Vejle Kommune er også søerne få og små. I alt rummer kommunen 545 søer, som tilsammen dækker 230 ha eller ca. 1,7 % af kommunens areal. Heraf er mange næringsbelastede med et tilsvarende fattigt dyre- og planteliv. I forbindelse med et kommunalt projekt 2013‑17 om genindførelsen af løvfrøen blev der gravet en række nye vandhuller i Kongsted, på Hyby Fælled og på Trelde Næs.