Gentofte Kommune har 51 søer på mindst 100 m2. Tilsammen dækker de 40 ha, svarende til bare 1,6 % af kommunens areal. Langt de fleste er vandhuller og småsøer, og kun Gentofte Sø er over 20 ha. Af de øvrige søer er 15 navngivet, heriblandt Langkær i Gentofte samt Vintappersø i Vangede og Hollænderdammen, Hundesø og Søndersø i Jægersborg. Selv om de fleste søer er uklare, rummer kommunen også flere klarvandede vandhuller og småsøer. Det gælder bl.a. et vandhul på Jægerbakken, som huser både tornløs hornblad og stor vandsalamander, samt søen i Øregårdsparken, der er voksested for kransnålalger og den sjældne smal kildemos.
Mange af vandløbene i kommunen er rørlagte eller forsvundet, og kun Brobækken, Ellebækken og Hvidørebækken (Enghave Rende) er stadig åbne. I 1600-tallet var Brobækken sammen med Damhus Sø hovedkilde til Københavns vandforsyning. Halvdelen af vandløbet blev rørlagt i 1925, så den eneste åbne del i dag er en 460 m lang strækning gennem Brobæk Mose. Også Ellebækken har haft indflydelse på hovedstadens vandforsyning, da dens løb mod syd omkring år 1600 blev ændret for at lede drikkevand til København. Hvor den før var et tilløb til Gentofte Sø, blev den et udløb og skiftede navn til Gentofte Rende. Det 1.864 m lange vandløb var længe flisebeklædt, men blev i 1990’erne restaureret, så det i dag fremstår mere naturligt.
