På trods af sin tætte bebyggelse rummer Gentofte Kommune en række vigtige naturområder samt adskillige sjældne dyr og planter. Derfor har kommunen også som målsætning, at den biologiske mangfoldighed skal bevares og styrkes, samt at levestederne for de sjældne planter og dyr skal beskyttes. I Kommuneplan 2017 er Gentofte Sø og Brobæk Mose samt Ermelund og Ordrup Krat udpeget til Grønt Danmarkskort, der er et sammenhængende naturnetværk, som kommunerne i fællesskab skal udpege.
En betydelig udfordring for den biologiske mangfoldighed er dog den fragmenterede natur, hvor dyr og planter kun vanskeligt kan bevæge sig mellem de spredtliggende naturområder. Dertil kommer invasive arter som japanpileurt, kæmpebjørneklo og canadisk gyldenris, der truer det naturlige planteliv.
Naturområderne er med til at give Gentofte Kommune en grøn profil, og i forvaltningen af de grønne områder sættes der derfor også fokus på at skabe et attraktivt miljø for beboelse og arbejde. Derudover skal det friluftsliv, som naturområderne sætter rammerne for, bidrage til befolkningens generelle sundhed og velvære.
