I Herning Kommune findes der 3.511 søer på mindst 100 m2. Tilsammen dækker de 1.127 ha, svarende til knap 1 % af kommunens areal. Langt de fleste er småsøer og vandhuller, men kommunen rummer også enkelte store søer som Gødstrup Sø, Sunds Sø og Søby Sø, hvoraf både Sunds Sø og Søby Sø er renvandede søer med rigt dyre- og planteliv. Dertil kommer bl.a. Fuglsang Sø, Holing Sø og søerne i Knudmose, der er opstået som følge af råstofindvinding eller anlagt for at opfylde et ønske om rekreative områder tæt på Herning.
Vandløbene i kommunen domineres af Skjern Å, Karup Å og Storå med deres mange tilløb. I alt rummer Herning Kommune ca. 800 km kommunale vandløb samt en række private vandløb; de fleste har en høj kvalitet, og især i Skjern Å, men også i Storå og Karup Å er de fysiske og biologiske forhold gode. For at hæve vandløbenes kvalitet er der gennemført en række miljøforbedrende tiltag som udlægning af gydegrus, fjernelse af fysiske spærringer og etablering af okkerrensningsanlæg. Efterhånden som der bliver fjernet spærringer i åerne, bliver der flere og flere gyde- og opvækstområder for vandrefisk som laks og havørred. I dag er Karup Å fx kendt for sin bestand af store havørreder, mens laksen er i fremgang i både Skjern Å og Storå.
