Ishøj Kommune har 100 søer på mindst 100 m2. De dækker tilsammen 98 ha, hvilket svarer til knap 4 % af kommunens areal. De største søer er Lille Vejlesø og Jægersø på hhv. ca. 41 og ca. 39 ha. Begge søer opstod i forbindelse med etableringen af Strandparken. Herefter følger den ca. 15 ha store Vallensbæk Sø, om end kun ca. 1,8 ha ligger i Ishøj Kommune. Resten er småsøer og vandhuller, og med undtagelse af Ishøj Sø og den nyanlagte sø ved Ishøj Landsby er de alle mindre end 1 ha.
Store Vejleå, Baldersbæk og Lille Vejleå er de største vandløb i kommunen. Mens Store Vejleå løber parallelt med eller på kommunegrænsen i øst, følges Baldersbæk og Lille Vejleå gennem kommunen fra vest til øst. Både Baldersbæk og Lille Vejleå udspringer ved Hedehusene i Høje-Taastrup Kommune og løber ind i Ishøj Kommune hhv. øst og vest for Solhøj. Baldersbæk er reguleret på hele sin længde, og såvel bund som sider er belagt med fliser. På sin vej gennemløber den Vestervang og Ishøj Landsby samt det vestlige hjørne af Ishøj, indtil den når udløbet i Ishøj Sø. Lille Vejleå løber østpå forbi Torslunde, hvorefter den drejer mod sydøst og rammer kommunegrænsen, som den følger til udløbet i Lille Vejlesø og Greve Marina. Forholdene er lidt bedre end i Baldersbæk, især omkring Vejleåvej, hvor åen har en fin ørredbestand.
