Halkær Sø er den nyeste store sø i Aalborg Kommune og strækker sig fra Halkær Voldsted ca. 2 km sydpå i bunden af tunneldalen Halkær Ådal. Tilbage i stenalderen var Halkær Ådal en fjordarm, men siden da har bunden af ådalen bestået af våde enge. For at omdanne dem til dyrkbar landbrugsjord blev Halkær-Ejdrup Pumpelag etableret i begyndelsen af 1900-tallet. Langs ådalens vestside blev der gravet en landkanal, mens Halkær Å blev reguleret og inddiget langs ådalens østside. Med hjælp fra pumper skabte dræningen et stort område, der kunne bruges til kornmarker. Dyrkningen fortsatte i næsten 100 år, men efterhånden havde jorden sat sig så meget, at hyppige oversvømmelser besværliggjorde udnyttelsen. Resultatet blev, at man i 2005 nedlagde pumpelaget og, som led i Vandmiljøplan II, skabte et vådområde.
Slukningen af pumperne førte hurtigt til dannelsen af den ca. 100 ha store, lavvandede Halkær Sø. Det forventes, at søen med tiden vil udvikle sig til rørskov og mose, som mod vest går over i våde enge. Halkær Å, som har sit forløb lige øst for søen, er adskilt fra Halkær Sø af et dige. Kun en mindre del af åens vandføring ledes ind i søen og ud igen ved det eksisterende afløb ved Halkær Bro.
Fuglene tog hurtigt Halkær Sø til sig, og søen rummer i dag ynglebestande af bl.a. lille, toppet og gråstrubet lappedykker samt troldand, gråand og knopsvane. Derudover er der en lille hættemågekoloni, ligesom også nogle få fjordterner, strandskader og viber yngler ved søen. I rørskoven, som ligger rundt om søen, er skægmejsen begyndt at yngle, og om foråret kan man her høre både nattergal, sivsanger, kærsanger, rørsanger og rørspurv.
Halkær Sø har desuden betydning som rasteplads for en række overvintrende og trækkende fuglearter. Om vinteren kan man opleve blishøns og troldænder i stort tal sammen med bl.a. knopsvane, sangsvane, pibeand og hvinand. Blandt søens rastende vadefugle er kun dobbeltbekkasin og vibe almindelige, men om foråret kan man også se storspove, sortklire, hvidklire, svaleklire, tinksmed og mudderklire.
Hele området, som sammen med Halkær Sø dækker ca. 150 ha, er privatejet, og der er ikke offentlig adgang. Man kan dog få en god udsigt over søen fra parkeringspladsen ved Halkær Voldsted og fra cykel- og gangstien på den nedlagte jernbane, der løber langs ådalens østside. Der er desuden indrettet en observationspost ca. 1 km syd for broen over åen ved Halkær, og fra Louisendalvej kommer man til et fugletårn, hvorfra søen og dens dyreliv kan iagttages. På Halkær Mølle er der udstilling og naturskole.
Halkær Sø er ikke fredet, men indgår i habitatområdet Nibe Bredning, Halkær Ådal og Sønderup Ådal.
