I forvaltningen af kommunens natur og landskab lægges der særligt stor vægt på bæredygtighed og biologisk mangfoldighed. Samtidig står Aalborg Kommune over for en række udfordringer. Eksempelvis viste vurderingen af naturområdernes kvalitet i perioden 2008‑13, at der er stort behov for en målrettet indsats for at forbedre og fremme naturens tilstand. Kommunen har derfor sat det mål, at 50 % af naturområderne skal hæves til god eller høj tilstand senest i 2020. Det forudsætter en stor indsats, og det samme gør ønsket om at øge kommunens biologiske mangfoldighed. Også klimaforandringernes potentielt negative konsekvenser for naturen kræver årvågenhed i forvaltningen.
Målet om en højere biologisk mangfoldighed skal indgå i driften af de bynære skove, parker og kommunalt ejede arealer. Naturområderne skal beskyttes og bevares, men således at den mest sårbare og sjældne natur prioriteres højest. Samtidig vil kommunen fremme udviklingen af spredningskorridorer for dyr og planter. Der skal etableres nye naturområder, ødelagte naturområder skal genoprettes, og eksisterende områder skal plejes efter behov.
Af hensyn til biodiversiteten, men også til friluftslivet og sikring af drikkevandskvaliteten, ønsker kommunen at øge det samlede skovareal. Det skal især ske ved bynær skovrejsning, hvilket også formodes at gøre boligområderne mere attraktive og øge livskvaliteten for beboerne.
Også i landbruget er der fokus på bæredygtighed og biodiversitet. Således skal andelen af økologiske landbrugsprodukter samt det økologisk drevne areal i kommunen øges. Samtidig fastslås det i Kommuneplan 2013, at man i områder med særlige drikkevandsinteresser vil prioritere grundvandet frem for intensiv landbrugsdrift.
Aalborg Kommune har en lang tradition for råstofudnyttelse. I dag fastlægges rammerne for råstofudnyttelsen af Region Nordjyllands Råstofplan 2016. Her fastslås vigtigheden af indvindingen for regionens vækst og udvikling, men det erkendes også, at den påvirker både mennesker, natur og miljø. Derfor skal der tages hensyn til natur og miljø i indvindingen, ligesom naturhensynet skal spille en vigtig rolle, når ansøgninger om nye gravetilladelser vurderes. Hensynet gælder både selve gravearbejdet og den effekt, som transporten af materialerne har på omgivelserne.
