Omkring halvdelen af kommunens areal består af gammel, hævet havbund, som ligger ud mod hhv. Limfjorden og Kattegat. En stor del af dette flade landskab er inddiget og gennemskæres af utallige afvandingsgrøfter. Derimod er det fattigt på egentlige vandløb. Lindholm Å, Gerå og Romdrup Å er de største vandløbssystemer, og sidstnævnte gennemløber kommunen i sin helhed. Dertil kommer mindre vandløb som Skelbæk, Flansbæk, Strebæk, Gåser Å, Østerå, Brendelsig Bæk og Koldkær Bæk.
Aalborg Kommunes store vandløb kommer alle fra bakkelandet og løber ud i Limfjorden. Det gælder Lindenborg Å, Østerå, Hasseris Å, Binderup Å, Halkær Å, Vidkær Å, Vår Å, Dybvad Å og Bruså. Ingen af disse åer udspringer i Aalborg Kommune, ligesom væsentlige dele af deres forløb ligger i nabokommunerne. Til gengæld har de mindre Nørrevad Bæk, Vøvel Bæk og Risbæk hele deres forløb i Aalborg Kommune.
Selv om kommunen rummer enkelte store søer, er de naturlige søer både få og små. I 2013 havde kommunen 1.942 søer på mindst 100 m2. De dækkede tilsammen 742 ha, hvilket svarer til 0,65 % af kommunens samlede areal. Næsten alle kommunens naturlige søer er opstået i dødishuller. De ligger dels på vestsiden af Halkær Tunneldal, hvor Skørbæk Sø er den største, dels på Dall Hede, hvor den største er Poulstrup Sø. Lillesø og Toftesø i Lille Vildmose har begge været tørlagte, men er siden blevet genoprettet.
Langs Guldbæk, som er et tilløb til Østerå, lå en række vandmøller. Det medførte et behov for mølledamme, som blev dækket ved opstemninger. På den måde opstod søerne Ridemands Møllesø, Godthåb Mølledam, Vester Mølledam og Øster Mølledam.
Kommunens største sø er den ca. 100 ha store Halkær Sø, som ligger i bunden af Halkær Ådal. Søen er kunstig og opstod i 2005 i forbindelse med et vådområdeprojekt under Vandmiljøplan II. Andre kunstige søer er Skovsøen samt Store og Lille Fuglesø i Østerådalen ved Aalborg.
Kommunens øvrige større søer er alle opstået som følge af råstofgravning. Således har indvindingen skabt store søer i kalk- og lergravene omkring Aalborg samt i grusgrave ved Tylstrup og Øster Hassing. Derudover blev søen i gravebanen i Portlandmosen dannet ved tørvegravning.
