Der er store naturværdier knyttet til Dragør Kommune, og i forvaltningen arbejder kommunen for at beskytte naturen og styrke den biologiske mangfoldighed, samtidig med at tilgængeligheden til naturen og borgernes oplevelsesmuligheder øges.
Kongelunden og Lergravene samt strandengene ved Aflandshage og Kofoeds Enge fra Søvang til Sydvestpynten, Hestefælled og revler og strandtanger ved Sydstranden er udpeget som områder med særlige biologiske værdier. Her må tilstanden ikke ændres, hvis det medfører forringelser for dyre- og plantelivet. Med undtagelse af Lergravene er de samme områder udpeget som indre kiler og kystkiler i Fingerplanen, og befolkningen skal derfor sikres størst mulig adgang, om end adgangen kan begrænses i de mest sårbare dele.