Aggersund deler Limfjorden i to. Mod vest breder fjorden sig ud, mens den mod øst snævrer ind og nærmest får karakter af en flod. Syd for Aggersborg ligger den lille ø Borreholm, som er den sidste af flere små holme, der lå langs med kysten, men i dag er eroderet bort og forsvundet i Limfjorden.
Skrænterne langs kysten er kalkrige, hvilket også kommer til udtryk i plantelivet, der omfatter typisk kalkelskende planter som bakketidsel, nøgleblomstret klokke, bakkefnokurt, stivhåret kalkkarse, hvidgrå draba, smalbægret ensian, vild hør og dansk kambunke. Syd for Løgstør ligger desuden brede strandenge med bl.a. havtornekrat og flere sjældne planter som strandhornskulpe og sumphullæbe. Den invasive rynket rose breder sig dog med stor hast i området og udkonkurrerer de naturligt hjemmehørende arter.
Fjorden er en vigtig rasteplads for især trækkende andefugle, som bl.a. kan iagttages ved Lendrup Sandø. Også spættet sæl er almindelig langs kysten.
I 1961 blev 20 ha skrænter og tilhørende strandenge nord for Løgstør fredet. Dertil kommer fredningen fra 1958 af kysten omkring Frederik VII's Kanal mellem Løgstør og Lendrup Huse. Hele kyststrækningen indgår desuden i habitatområdet Løgstør Bredning, Vejlerne og Bulbjerg, fuglebeskyttelsesområdet Løgstør Bredning, Livø, Feggesund og Skarrehage samt Ramsarområdet Vejlerne og Løgstør Bredning.
