I 2009 kortlagde Allerød Kommune 91 naturområder, hvilket siden har dannet udgangspunkt for udpegningen til Grønt Danmarkskort i Kommuneplan 2017. Grønt Danmarkskort er et sammenhængende naturnetværk, som kommunerne i fællesskab skal udpege. De ofte adskilte naturområder bindes sammen af økologiske forbindelser. Eksempelvis har Allerød Kommune udpeget en række økologiske forbindelser, som tager særlige hensyn til arterne stor vandsalamander, spidssnudet frø, stor kærguldsmed, isblåfugl og violetrandet ildfugl. Det giver et Grønt Danmarkskort, hvor den sammenhængende natur ligger i Mølleådalen i syd og herfra strækker sig som to fingre op på hver side af Lillerød.
Ud over at beskytte den biologiske mangfoldighed skal naturområderne også styrke de rekreative værdier. Det betyder, at der skal være adgang til naturområderne, ligesom der skal etableres ny bynær natur gennem bl.a. skovrejsning og omdannelse af forladte råstofgrave til natur- og friluftsområder.