Nyholm er en ø i Københavns Havn og den nordligste del af Holmen, der betegner det historiske område for Flådens arealer i havnen.
Flådens faciliteter ved Bremerholm og Tøjhushavnen blev utidssvarende i løbet af 1600-tallet, så i 1690 blev Nyholm etableret ud for Kastellet og Toldboden ud mod det åbne vand på Øresund på den anden side af havneløbet. Der blev også anlagt en flådehavn, Flådens Leje, der blev beskyttet af en bro, den såkaldte Hønsebro, der lå tværs ned gennem havneløbet. Dermed opdeltes havnen i en civil og en militær del, som endnu i dag opretholdes, om end nu blot af en diskret afspærring. I nord afgrænses Flådens Leje af en mole kaldet Elefanten, opkaldt efter det linjeskib, som i 1728 blev sænket og dannede fundament for molen. I forlængelse af Elefanten gik en bro og pontonbro over til Toldbodssiden. Den brugte Holmens arbejdere, når de kom fra Nyboder. For enden af Elefanten ligger Nyholms Hovedvagt, en vagtbygning opført i 1745 af arkitekten Philip de Lange. Han tegnede også Mastekranen fra 1751, den store kranbygning, der i dag står som et vartegn for Holmen.
I 1740 skabte generaladmiralløjtnant grev Frederik Danneskiold-Samsøe en helhedsplan for udviklingen af Holmen, som på dette tidspunkt endnu kun bestod af Nyholm og de mudrede banker, der siden skulle blive til Arsenaløen, Frederiksholm og Dokøen.
De ældste bygninger på Nyholm er de to Takkeladshuse fra 1725; dog blev det Vestre Takkeladshus ombygget i 1800-tallet. Spanteloftsbygningen fra 1742 er opført i bindingsværk og er af en sådan bredde, at man kunne lave de store linjeskibes spanter i fuld størrelse indendørs, før de blev bragt til beddingerne. De store byggebeddinger, der lå skrånende ud mod Flådens Leje, var omdrejningspunktet for aktiviteterne på Nyholm, og stabelafløbninger var store folkelige begivenheder i København. Nordligst på Nyholm finder man Sixtus Batteri, som er Københavns officielle flag- og salutbatteri. Det blev i 1788 overflyttet fra Kastellet.
Nyholm står til at skulle forlades helt af Forsvaret, og der er planer om at bebygge Nyholm i de kommende år. Nyholm planlægges til eksklusive boliger, dels nyopførte, dels ved genanvendelse af Forsvarets fredede bygninger til boligformål, erhverv samt institutioner. Det understreges i planlægningen, at der skal tages særlige hensyn til de militære bygningers udtryk, da det er en vigtig del af kulturarven.
