Denne sektor er med 34,9 % af beskæftigelsen en del over andelen for regionen som helhed. Detail- og engroshandel tegner sig med 21,7 % for den største del, service udgør 6,6 % og oplevelseserhvervene som hoteller, restauranter, kultur og fritid 6,5 %. Handelens forholdsvis store andel skyldes især nogle større engrosvirksomheder.
Middelfart er hovedsæde for United Shipping & Trading Company (USTC). Torben Østergaard-Nielsen blev i 1978 direktør for et lokalt shippingselskab. Få år efter købte han selskabet og opbyggede de følgende årtier en række nye aktiviteter. Størst er selskaberne under Bunker Holding A/S, der blev en af verdens førende forhandlere af bunkerolie. Det omfatter også selskabet Dan-Bunkering A/S, der bl.a. forhandler flybrændstof. Til gruppen hører samtidig tankskibsrederiet Uni-Tankers, shippingselskabet SDK og it-virksomheden Unit IT. Alle selskaberne styres fra hovedkontoret på Strandvejen i Middelfart og har omkring 130 kontorer fordelt på 35 lande. Globalt beskæftigede koncernen i 2020 omkring 3.400 medarbejdere og var fortsat i familieeje.
Blandt de store handelsvirksomheder er også en afdeling af Catering Engros A/S, der er en del af Dagrofa koncernens Foodservice, som leverer fødevarer til kantiner, hoteller og restauranter. I Middelfart Kommune beskæftiger virksomheden over 200 medarbejdere.
En anden stor handelsvirksomhed er hovedsædet for T. Hansen Gruppen A/S, der driver omkring 110 autoudstyrsbutikker i Danmark og Norge. Virksomheden, der er stiftet af Bent Jensen i 1991, beskæftigede i 2019 i alt omkring 700 medarbejdere (omregnet til fuldtid), hvoraf over to tredjedele arbejdede i butikkerne.
Kommunens store handelsvirksomheder omfatter også fødevarevirksomheden Uhrenholt A/S, der producerer og handler med fødevarer i en række lande verden over. Det begyndte med handel med oste og mejeriprodukter i 1978. Virksomheden har hovedsæde i Middelfart og havde i 2019 ca. 160 ansatte (omregnet til fuldtid). Globalt var der samlet ca. 350 medarbejdere.
Middelfart er også hjemsted for erhvervssektion i en af landets største kaffe- og kaffemaskineforhandlere, Jacobs Douwe Egberts DK ApS. Med sin placering midt i landet ved Lillebælt er Middelfart samtidig en populær konferenceby med en række konferencecentre. Blandt de største er Hindsgavl, Severin og Comwell.