Bebyggelse, som menes at have sin oprindelse i middelalderen, udgøres især af mindre vej-/terrænbyer. De fordeler sig jævnt i hele kommunen, mens den typisk lidt større fortebebyggelse er knap så velrepræsenteret. Længst er der mellem landsbyerne på randmorænen, som slynger sig gennem området fra nordvest mod sydøst. Herudover kendes der til få enestegårde rundtom i kommunen.
Der er udført enkelte arkæologiske undersøgelser af den middelalderlige landbebyggelse. Mest omfangsrig var undersøgelsen af en bebyggelse ved Østrup, sydøst for Skader, i kommunens vestlige ende, som omfattede et velbevaret stensat fundament til en hustomt fra 1300-tallet. Huset havde to rum, der indvendigt målte hhv. 5,2 × 5,85 m og 2,2 × 5,5 m. I det store rum var muren sat af udvalgte store sten med spor af kalkning. Ved en udgravning vest for den undersøgte tomt fandtes bebyggelsesspor i form af gruber og kulturlag samt en vej, der førte til tomten. Herudover er der også undersøgt mere omfangsrige middelalderlige landbebyggelser i Fuglslev og ved Havmølle Å. Ved Århus Amts Museumsråds projekt »Middelalderlige landsbyundersøgelser« fra 1980’erne er der også ved flere lejligheder registreret spor efter middelalderlige landbebyggelser.
Området er til gengæld rigt på teglovne fra middelalderen og renæssancen, hvilket undersøgelser af ovne i Rønde, ved Feldballe og Bregnet samt ved Jernhatten på Kattegatkysten vidner om. Eksempelvis er en velbevaret teglovn ved vandrehjemmet i Rønde blevet undersøgt og senere rekonstrueret tæt ved den oprindelige placering. Ovnen var gravet ned i bakkesiden og havde fire indfyringsåbninger vendt mod nordøst. Frontmuren var bevaret i op til 80 cm’s højde, og ovnen var som helhed velbevaret. Konstruktionsmæssigt ligger den tæt op ad de ovne, som kendes fra middelalder og renæssance. En munkesten fra ovnen er ved hjælp af termoluminescens dateret til ca. 1440‑1520.
Den eneste middelalderlige købstad i den nuværende Syddjurs Kommune er Ebeltoft, der i 1200-tallet blev udstykket af jord fra det kongelige gods Dråby 3 km nordøst for byen. I 1301 fik byen sine ældst kendte købstadsprivilegier, der gav bymændene i Ebeltoft ret til at holde torvedag. I 1317 fik byen en egentlig stadsret modelleret over Slesvigs. Byen blev i 1400-tallet pantsat til lensmanden på Kalø, Otte Nielsen Rosenkrantz, og kom først omkring år 1500 tilbage på kongelige hænder. I løbet af1400-tallet var dog også Aarhusbispen ved at fatte interesse for Ebeltoft, og i 1523 sad denne inde med halvdelen af byen. Ved Reformationen regnes Ebeltoft blandt de mindre af de jyske byer og på størrelse med Grenaa, Holstebro og Ringkøbing.
Af bemærkelsesværdige middelalderlige kirker i den nuværende kommune kan nævnes Nødager, der viser tegn på at have været en aristokratisk kirke. Tirstrup Kirke, hvis bygherre var hofmester Otte Nielsen Rosenkrantz, har i senmiddelalderen givet de mægtige djurslandske adelsslægter mulighed for at vise deres fromhed gennem omfattende inventargaver, men også lejlighed til at vise deres standsbevidsthed gennem deres kalkmalede våbenskjolde. Således er adelsslægterne Rosenkrantz, Lange og Krognos repræsenteret i kirken. I Thorsager finder man Jyllands eneste rundkirke, der sandsynligvis blev opført af kongen i tiden omkring år 1200.
Dråby har ligeledes været et vigtigt støttepunkt for kongemagten, især indtil kongemagten opførte borgen Kalø og gjorde det til kongeligt administrationscentrum for Djursland. Dette ses gennem den store Dråby Kirke – »domkirken på Mols«.
Sandsynligvis har borgen i Boeslum, der blev opført i 1314, været tænkt som administrationscentrum for det krongods, der lå på Ebeltofthalvøen. På Helgenæs har de kongelige besiddelser ligget side om side med Aarhusbispens ret omfattende jordegods, som måske går tilbage til biskop Peder Vognsens godsgaver fra 1203. Bispeherregården på det sydlige Djursland var i senmiddelalderen Isgård i Tved Sogn, der overgik til kronen ved Reformationen. Fra 1439 og frem mod år 1500 var en stor del af de kongelige besiddelser i Djursland dog pantsat til familien Rosenkrantz, der også i lange perioder sad som kongelige lensmænd på Kalø.
I den nuværende kommune findes der ud over de nævnte herregårde og borge yderligere et antal middelalderlige herresæder. Bjørnholm (Tirstrup Sogn) blev opført af marsk Stig Andersen Hvide, og han ledte herfra jydernes oprør mod kong Valdemar Atterdag i 1367. I 1400-tallet kom den på slægten Rosenkrantz’ hænder, som ejede den indtil efter Reformationen. Rosenholm (oprindelig Holm, i Hornslet Sogn), der i dag regnes for en af de prægtigste danske herregårde, nævnes første gang i 1349. Efter 1511 hørte den under Aarhusbispen og faldt ved Reformationen til kronen.
Fra de bevarede lensregnskaber fra tiden lige før Reformationen fremgår det, at landbruget var det primære erhverv for hovedparten af befolkningen. Bønderne dyrkede især rug og byg samt holdt kvæg med en betydelig smørproduktion. Samtidig fandtes der store fårehold og meget fjerkræ. Langs kysterne fangede man især sild.
Mere om bebyggelse og erhverv i kommunen