I forbindelse med udpegningerne til Grønt Danmarkskort har kommunen identificeret en række områder med særlige naturbeskyttelsesinteresser, hvor der ikke må gennemføres ændringer, hvis det kan forringe naturværdierne. De omfatter bl.a. Værebro Ådal og Gundsømagle Sø, Himmelev Skov, Hedeland, dele af Boserup Skov og Kattingesøerne samt Ramsødalen. For at sikre spredningsmulighederne for dyr og planter er de forbundet af økologiske forbindelser.
Derudover skal der løbende etableres ny natur i kommunen. Det kommer bl.a. til udtryk i tidligere råstofgraveområder som Hedeland, Himmelev Skov, Darup Grusgrav og Svogerslev Grusgrav, der alle er blevet reetableret som natur- og rekreative områder. Derudover er der udpeget områder til mulig ny skovrejsning nordøst og syd for Roskilde, syd for Gadstrup og syd for Viby.
En del af Roskilde Kommune, heriblandt Roskilde Fjord, Boserup Skov, Kattingesøerne, Svogerslev Sø og middelalderbyen Roskilde, indgår desuden i Nationalpark Skjoldungernes Land, der blev indviet d. 21. marts 2015 som Sjællands første nationalpark. Nationalpark Skjoldungernes Land ledes af en bestyrelse med repræsentanter fra bl.a. Roskilde, Lejre og Frederikssund Kommuner.