Søerne og moserne er især koncentreret i det bakkede landskab mellem Haderslev og Vojens og videre sydpå ned mod grænsen til Aabenraa Kommune. I alt har Haderslev Kommune 2.833 søer på mindst 100 m2. Tilsammen dækker de 1.101 ha, hvilket svarer til blot 1,3 % af kommunens areal.
Blandt kommunens største søer er Haderslev Dam og Hindemade samt Slivsø, Stevning Dam og brakvandssøen Bankel Nor. De fleste større søer er tydeligt påvirkede af mennesker. Det gælder både Haderslev Dam, som er afgrænset af dæmninger, og den 65 ha store Hindemade, der var en lavvandet del af Haderslev Dam, indtil den blev afvandet i 1936. I 1994 blev Hindemade atter sat under vand som et af landets første naturgenopretningsprojekter. Også Slivsø er afvandet og siden genoprettet, mens den knap 30 ha store Stevning Dam opstod som en mølledam til Tørning Mølle ved en opstemning af Tørning Å.
Hvor kommunen er forholdsvis søfattig, er den derimod ganske rig på vandløb. Den Jyske Højderyg danner et markant vandskel ned gennem kommunen og betyder, at vandløbene vest for højderyggen afvander til Vadehavet i vest, mens vandløbene øst for højderyggen løber østpå til Haderslev Fjord og Lillebælt. De to største vandløb er Gram Å/Fladså og Gels Å, som begge ligger vest for Den Jyske Højderyg. På kommunegrænsen i vest løber de sammen og bliver til Ribe Å, som fortsætter vestpå til udløbet ved Kammerslusen i Esbjerg Kommune.
