Sønderborg Kommunes erhvervsstruktur adskiller sig væsentligt fra de fleste andre kommuner i Danmark. Hvor handel og service er den største private sektor i de fleste kommuner, er industrien størst i Sønderborg Kommune. Målt på antal ansatte i industrien er kommunen kun overgået af Aarhus, Aalborg, København og Gladsaxe Kommuner.
Det skyldes primært de tre industrivirksomheder Danfoss, LINAK og Danish Crown, der står for over en tredjedel af den private beskæftigelse i Sønderborg Kommune (2018).
Den bemærkelsesværdige erhvervsstruktur skyldes ikke, at kommunen har været begunstiget af en særlig god infrastruktur. Derimod har det været en vigtig faktor, at ejerne af Danfoss og LINAK under virksomhedernes internationale ekspansion har valgt at fastholde mange aktiviteter på Als.
Bedre infrastruktur er et centralt emne for erhvervslivet i Sønderborg Kommune. Et gennembrud var Sønderborgmotorvejen fra Sønderborg til E45, der med en oprindelig medfinansiering fra det daværende Sønderjyllands Amt blev etableret af staten. Den 26 km lange motorvej blev taget i brug i 2012.
Sønderborg Kommune blev særlig hårdt ramt af finanskrisen i 2008. I kølvandet på krisen mistede kommunen ca. 5.500 arbejdspladser, svarende til ca. 15 % af beskæftigelsen. Beskæftigelsen gik tilbage både i den offentlige og den private sektor. Den offentlig beskæftigelse faldt frem til 2016 med ca. 1.110 personer, den private med ca. 4.400. Først i 2017 var den samlede beskæftigelse så småt begyndt at stige igen, men stadig i november 2018 var der omkring 4.000 færre arbejdspladser i kommunen end ti år før.